Sposób pracy z fakturami bardzo często uzależniony jest od kilku połączonych ze sobą narzędzi, dlatego zmiana jednego szczegółu może wpłynąć na cały wymianę dokumentów. W przypadku KSeF szczególnego znaczenia nabiera moment przekazywania danych a także późniejsze użycie informacji zwrotnej. Integracja KSeF może obejmować system sprzedażowy, program księgowy, magazyn, przepływ dokumentów albo inne rozwiązania używane w zakładzie produkcyjnym.
Zakres takiego połączenia nie musi być jednak dokładnie taki sam w każdej organizacji. Przy małej liczbie dokumentów część operacji może wciąż wymagać ręcznej obsługi, podczas gdy większa liczba faktur powoduje potrzebę dokładniejszego uporządkowania procesu. Z praktyki wynika, że trudności na prawdę często ukazują się nie przy samym przesłaniu dokumentu, lecz na styku różnorakich etapów pracy. Jeśli sprzedaż, księgowość i administracja korzystają z odmiennych zasad opisywania dokumentów, samo połączenie systemów nie usunie istniejących rozbieżności.
Przed rozpoczęciem prac związanych z integracją warto sprawdzić, jakie dane są aktualnie przechowywane i gdzie powstają. Szczególnej sugestie wymagają informacje o kontrahentach, pozycjach faktury, podatku, numerach dokumentów oraz datach związanych ze sprzedażą. Nie chodzi wyłącznie o sprawdzenie, czy określone pole istnieje w programie. Istotne jest także to, czy jest uzupełniane w sposób jednolity i czy może być właściwie wykorzystane w dalszym etapie. W codziennej pracy zdarzają się bowiem dokumenty nietypowe, zmiany danych kontrahentów czy sytuacje, w których faktura musi zostać poprawiona przed kolejnym przetwarzaniem. Jeżeli już system samoczynnie pobiera nieaktualną informację, problem może zostać zauważony dopiero po wygenerowaniu dokumentu. Z tego powodu integracja z KSeF wymaga niekiedy uporządkowania danych, które przedtem funkcjonowały bez większych problemów, ponieważ były sprawdzane przez pracownika podczas ręcznego wystawiania faktur.
Kolejnym zagadnieniem jest obsługa informacji zwrotnych. Wysyłka faktury nie powinna być traktowana jako pojedyncza czynność pozbawiona dalszych etapów. Po przekazaniu dokumentu powinno się rozpoznać jego status i stosownie zapisać go w systemie używanym przez przedsiębiorstwo. Jeśli operacja się nie powiedzie, przyczyna może mieć charakter techniczny albo wynikać z nieprawidłowych danych. To rozróżnienie ma praktyczne znaczenie. Ponowienie wysyłki może posiadać sens w sytuacji chwilowego kłopotu z komunikacją, jednakże nie rozwiąże błędu znajdującego się w treści dokumentu. Warto więc ustalić, które sytuacje mogą być obsługiwane samoczynnie, a w których potrzebna jest ingerencja użytkownika. Ważne jest także wyświetlanie przejrzystych komunikatów. Informacja, że wystąpił błąd, może być niewystarczająca, jeśli pracownik nie wie, którego dokumentu dotyczy problem i jakie działanie powinien podjąć.
W codziennej obsłudze znaczenie ma także sposób postępowania z fakturami, które trafiają do firmy od zewnętrznych podmiotów. Po ich odebraniu może być niezbędne przypisanie dokumentu do działu, zlecenia, projektu lub osoby odpowiedzialnej za akceptację. Nie każdy taki odcinek da się utworzyć na bazie samych danych zawartych w fakturze, dlatego część decyzji może pozostać po stronie pracownika. Przy planowaniu procesu warto też przewidzieć korekty, dokumenty wymagające dodatkowej weryfikacji a także sytuacje, w których automatyczne przypisanie okazuje się niemożliwe. Równie bardzo ważna jest historia operacji, pozwalająca sprawdzić, kiedy dokument został wykonany, przekazany, odebrany albo zmodyfikowany. Takie informacje są przydatne zwłaszcza wtedy, gdy po pewnym czasie powinno się wyjaśnić, na jakim etapie pojawiła się niezgodność. Właśnie dlatego połączenie z KSeF powinno się rozpatrywać jako szczegół całego obiegu informacji, a nie jedynie jako mechanizm przesyłania faktur między dwoma systemami.
Zobacz również: KSeF API dla programistów.